"Kayseri ili, Melikgazi ilçesi, Germir mahallesinde, kentsel sit alanı sınırları içerisinde, tapunun 11443 ada, 1 parselinde özel mülkiyet adına kayıtlı bulunan kilise, Kayseri Kültür ve Tabiat Varlıklarını Koruma Kurulunun 06.11.1993 gün ve 1619 sayılı kararıyla taşınmaz kültür varlığı olarak tescil edilmiştir. 06.11.1993 gün ve 1619 sayılı karar eki olan tescil fişinde ve Koruma Kurulu uzmanlarınca hazırlanan 09.08.2002 gün ve 729 sayılı raporda söz konusu kilisenin ahır olarak kullanıldığından bahsedilmiş ve bunun önüne geçilebilmesi için ilgili kurum ve şahıslara Koruma Kurulu Müdürlüğünün 09.08.2002 gün ve 589 sayılı yazısı ile uyarılar yapılmış olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Doç. Dr. M. Sacit PEKAK tarafından 10.10.2005 tarihinde hazırlanan “Kayseri ile ilçelerinde Osmanlı Döneminde inşa edilmiş Hıristiyan Kiliseleri” konulu yüzey araştırma raporunda ise Rum Kilisesi I olarak adlandırılan kilisenin ahır olarak kullanıldığı ve yine çevresinde hayvan beslenilen ahırların olduğundan bahsedilmektedir.
Kayseri Valisi Sayın Orhan Düzgün 20.10.2013 tarihinde Germir Mahallesinde incelemelerde bulunduğu sırada Panaya Kilisesi çevresindeki ahır olarak kullanılan yapıların kaldırılması yönünde Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu Müdürüne talimat vermiş ve Koruma Kurulu Müdürlüğü uzmanlarınca 29.11.2013 tarihinde yerinde yapılan inceleme sonucunda söz konusu kilisenin kullanılmamasından kaynaklı olarak bakımsız olduğu görülmekle beraber ahır veya samanlık gibi herhangi bir kullanım söz konusu olmadığı; ancak tescilli yapının yakın çevresi incelendiğinde çevresinde ahır olarak kullanılan niteliksiz yapıların mevcut olduğu görülmüştür. Müdürlük uzmanlarınca yapılan tespitler Kayseri Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulunda değerlendirilmiş ve alınan13.12.2013 gün ve 862 kararla; “Kayseri ili, Melikgazi ilçesi, Germir (Konaklar) mahallesinde, kentsel sit alanı sınırları içerisinde, tapunun 11443 ada, 1 parselinde özel mülkiyet adına kayıtlı bulunan, 1993 yılında taşınmaz kültür varlığı olarak tescil edilen kilisenin; “Toplumun maddi tarihini oluşturan kültür verileri içinde tarihsel, simgesel, anı ve estetik nitelikleriyle korunması zorunlu yapılar.” kapsamında değerlendirilerek yapı grubunun 1. Grup olarak belirlenmesine,
Özel mülkiyete ait kilise ile kilise parseline bitişik parsellerin kamulaştırılmasına; kilise çevresindeki ahır olarak kullanılan yapıların kaldırılması gerektiğine ” karar verilmiş, karar ilgili yerlere dağıtımlı olarak gönderilmiştir. Söz konusu özel mülkiyete tabi kilisenin kamulaştırılması için Kayseri Valiliğince işlemlere başlanılmış ve 24.12.2013 tarihinde yazılan yazı ile Kültür ve Turizm Bakanlığından ödenek talep edilmiştir.
Yerel gazetelerde çıkan haberler nedeniyle Kurul Müdürlüğünün 13.12.2013 tarih ve 862 sayılı kararı ile Melikgazi Belediyesine13.02.2014 tarihinde 2. kez hatırlatılarak kilise çevresindeki ahırların ivedilikle kaldırılması istenmiştir. "