Aynur Bayraktaroğlu için Karşıyaka Ahmet Efendi Camisi'nde cenaze töreni düzenlendi.
Cenaze törenine Bayraktaroğlu'nun ailesi ve yakınlarının yanı sıra, Genelkurmay Başkanı Orgeneral Metin Gürak, Deniz Kuvvetleri Komutanı Oramiral Ercüment Tatlıoğlu, Hava Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Ziya Cemal Kadıoğlu, Sahil Güvenlik Komutanı Koramiral Ahmet Kendir, AK Parti Kayseri Milletvekili Hulusi Akar, Anayasa Mahkemesi Üyesi Muhterem İnce, Milli Savunma Bakan Yardımcıları Alpaslan Kavaklıoğlu, Musa Heybet ile Şuay Alpay, İçişleri Bakan Yardımcısı Mehmet Aktaş, Ankara Valisi Vasip Şahin, Milli Savunma Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Erhan Afyoncu, Ankara Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Ünüvar ve çok sayıda üst düzey askeri yetkili katıldı.
Aynur Bayraktaroğlu'nun cenazesi, cenaze namazının ardından Karşıyaka Mezarlığı'na defnedildi.